Η πανούκλα «συνοδεύει» την ανθρωπότητα εδώ και τουλάχιστον 5.000 χρόνια και οι επιστήμονες παρακολουθούν στενά τυχόν αναζωπύρωση της.
Ένας από τους πλέον σημαντικούς αυτοκράτορες του Βυζαντίου είναι ο Μέγας ,ο Άγιος Ιουστινιανός ο Α΄ (527-565).
Το όνομά του έχει συνδεθεί κυρίως με την μετάβαση από την κλασσική Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία στο εξελληνισμένο ανατολικό ρωμαϊκό κράτος του Μεσαίωνα. Αλλά 
και με την εδαφική επέκταση της αυτοκρατορίας, με την κωδικοποίηση των παλαιών ρωμαϊκών νόμων (Ιουστινιάνειος κώδικας), την φορολόγηση των πολιτών ανάλογα με τα εισοδήματά τους, την οργάνωση της αγοράς, του εμπορίου και του στρατού, την κυκλοφορία χρυσών νομισμάτων για τις συναλλαγές με τον έξω κόσμο και την συντήρηση των δρόμων που ένωναν τις μεγάλες επαρχιακές πόλεις. Επίσης η ίδρυση της μεταξοκαλλιέργειας, η Στάση του Νίκα και η κατασκευή του ναού της Αγίας του Θεού Σοφίας έκαναν το Βυζάντιο πλούσιο και δυνατό αλλά και τον ίδιο έτοιμο να ζωντανέψει το όνειρό του να φτάσει δηλαδή την βυζαντινή αυτοκρατορία στα παλιά σύνορα της ρωμαϊκής. Αποκαλέστηκε «άγιος» επειδή υπήρξε υπερασπιστής της Ορθοδοξίας, έκτισε την Αγία Σοφία και τη Μονή Σινά, συγκάλεσε την Ε΄ Οικουμενική Σύνοδο καταδικάζοντας διάφορες αιρέσεις, λογόκρινε τις πλατωνικές απόψεις στη διδασκαλία του Ωριγένη και κατά τη βασιλεία του εξαλείφθηκε η ειδωλολατρία στο Βυζάντιο.
Η εξάρτησή του από τη Θεοδώρα που ήταν ο σύμμαχος, η σύντροφος, ο άνθρωπος με τον οποίον μπορούσε να πολεμήσει τους πάντες, τον οδηγούσε και σε σφάλματα που ίσως θα είχε αποφύγει εάν δεν της είχε τέτοια αδυναμία και δεν είχε επενδύσει τόσα πάνω της. Σε γενικές γραμμές η αυτοκρατορία επί των ημερών του ζούσε την δική της Χρυσή Εποχή.
Η πανώλη είναι μια μολυσματική αρρώστια
με συμπτώματα τον υψηλό πυρετό, το πρήξιμο των λεμφαδένων στη βουβωνική ή τη μασχαλιαία χώρα και ανάλογα στην περίπτωση μπορεί να εμφανίσει αιμόπτυση και μαύρες φλύκταινες στο σώμα, ενώ οι ασθενείς πέθαιναν είτε αμέσως είτε μετά από λίγες ημέρες. Μπορούσε να προκαλέσει κώμα ή μια μορφή παραφροσύνης συνοδευόμενη από αϋπνία, παρακρούσεις και παραισθήσεις. Οι δύο τελευταίες ευθύνονται για μεγάλο αριθμό θανάτων αφού πολλοί ασθενείς άκουγαν πνεύματα που τους καλούσαν και τα έβλεπαν να τους καταδιώκουν. Όσοι ασθενείς περιέρχονταν σε τέτοια κατάσταση ντελίριο έριχναν το εαυτό τους σε πηγάδια για να κρυφτούν από τις οπτασίες ή γκρεμίζονταν από τα τείχη της πόλης.
Το 541 ένα εμπορικό πλοίο φτάνει από την Αίγυπτο στο λιμάνι της Κωνσταντινούπολης. Η Πόλη και οι επαρχίες της βυζαντινής αυτοκρατορίας την εποχή εκείνη έκαναν τροφοδοσία σιτηρών από την βορειοαφρικάνικη χώρα. Το ασυνήθιστο αυτό πλοίο έκρυβε στα αμπάρια του τον όλεθρο, τον θάνατο, την καταστροφή. Ποντικοί που ζούσαν μέσα σ αυτό μετέφεραν ψύλλους μολυσμένους με το βάκιλο του Υερσέν (πανώλης). Ο λοιμός, που ήδη είχε αρχίσει να γίνεται αισθητός στις παράλιες πόλεις της Ανατολικής Μεσογείου διείσδυσε και στην βασιλεύουσα. Κατά τον Δανό καθηγητή Eske Willerslev σε ένα άρθρο του στο περιοδικό Nature , η πανώλη είχε εμφανιστεί σε ένα τόξο 8000 χιλιομέτρων στις 
στέπες που απλώνονταν από την Ουγγαρία μέχρι την Βορειοανατολική Κίνα, δηλαδή εκεί που ζούσαν οι νομαδικές φυλές των Ούννων και των Σκιθών. Ένα δόντι που χρησιμοποιήθηκε σαν γενετικό δείγμα και που ανήκε σε θύμα της Ιουστινιανής πανούκλας που πέθανε και ενταφιάστηκε στη Γερμανία γύρω στο 570μ.Χ συγκρίθηκε σε σύγχρονα γερμανικά εργαστήρια με γενετικό υλικό από οστά ανασκαφών στο προαναφερόμενο τόξο των στεπών και έδειξε ομοιότητες του βακτηρίου. Συμπληρωματικά αναφέρει ο καθηγητής ότι τα αίτια που προξένησαν την πανδημία πιθανόν να προκλήθηκαν από βιολογικό για την εποχή πόλεμο των Ούννων που εγκατέλειπαν επίτηδες τα ψόφια άλογά τους σε ακροποταμιές με αποτέλεσμα το μολυσμένο από τα παράσιτα νερό να μεταφέρει τον ιό στα κράτη που ο ποταμός διέρρεε. Κατά τον ερευνητή πάλι Peter de Barros Damgaard η πιθανότητα μετάδοσης του ιού μέσω του πολύπλοκου 
και πυκνού δικτύου χερσαίων διαδρομών του Δρόμου του Μεταξιού ήταν πολύ μεγάλη. Ο ίδιος επιμένει στα χειρόγραφά του ότι η πανδημία χολέρας του Ιουστινιανού ήταν το προανάκρουσμα μιας άλλης θανατηφόρου επιδημίας που έμελλε να πλήξει την Ευρώπη στα μέσα του 14ου αιώνα. Ο συνολικός ανθρώπινος απολογισμός της νέας Βουβονικής Μαύρης Πανώλης, όπως ονομάστηκε, υπολογίζεται σε 200 εκατομμύρια νεκρούς στην Ευρώπη, Ασία και Βορ. Αφρική. Η μετάδοση της επιδημίας, που αφετηρία είχε την Κίνα, έγινε με παρόμοιο τρόπο όπως του Ιουστινιανού. Μεταδόθηκε μετά την κατάκτηση της γενοβέζικης Κριμαίας από τους Μογγόλους οι οποίοι παράτησαν στη μέση της πόλης πτώματα του πολέμου μολυσμένα από πανώλη.
Σε γενετικές έρευνες που έγιναν από επιστήμονες κατέληξαν πως ο βάκιλος του Υερσέν εμφανίστηκε για πρώτη φορά στα όρη Τιέν Σαν της κεντρικής Ασίας. Αυτό ανακοινώθηκε αφού συγκρίθηκε μάζα οστού των ορέων Τιέν Σαν της πρώιμης Ουννικής περιόδου (180 μ.Χ) με σκελετό θύματος της επιδημίας του Ιουστινιανού που φυλάσσεται στη Γερμανία.
Έχουμε όμως και μια καταγραφή της πανδημίας από τον βυζαντινό ιστορικό Προκόπιο που μας πληροφορεί πως η μόλυνση ξεκίνησε από την Αιθιοπία και σε ένα χρόνο μεταπήδησε στο λιμάνι Πηλούσιο της Αιγύπτου. Ακολούθως μεταδόθηκε στην Αλεξάνδρεια, Γάζα, Ιερουσαλήμ και Αντιόχεια.
Ο ίδιος, αντιγράφοντας τον Θουκιδίδη στο ύφος αναφοράς του στο γεγονός, σημειώνει στην Απόκρυφη Ιστορία του, ότι η Πόλη μύριζε θάνατο και πως έτυχε 
μέρα να θρηνεί ακόμη και 10.000 θύματα. Επειδή ο λοιμός πήρε ανεξέλεγκτες διαστάσεις δεν υπήρχε τρόπος άμεσης ταφής των νεκρών. Άμαξες γυρνούσαν στην πόλη και περισυνέλεγαν πτώματα τα οποία κατόπιν τα στοίβαζαν σε πλατείες μέχρι να τα μεταφέρουν έξω από τα τείχη σε λατομεία ή τα φόρτωναν σε ακυβέρνητα πλοία και βάρκες με σκοπό να παρασυρθούν από τα ρέματα και να βυθιστούν. Οι βάρκες αναποδογύριζαν και τα μολυσμένα πτώματα έσπερναν τον θάνατο και σε άλλα σημεία της επικράτειας. Το πιο απλό που ήταν η αποτέφρωση των πτωμάτων δεν το έκαμαν επειδή ήταν ενάντια στις θρησκευτικές τους πεποιθήσεις.
Ο εκκλησιαστικός ιστορικός 
Ευάγριος Σχολαστικός, αξιωματούχος του Ανατολικού Ρωμαϊκού κράτους, είχε παρατηρήσει φλύκταινες στη βουβωνική περιοχή του σώματός του αλλά μπόρεσε να θεραπευτεί πράγμα που δεν κατάφεραν η σύζυγός και τα παιδιά του. Ακόμη και ο ίδιος ο αυτοκράτορας λέγεται ότι μολύνθηκε από την νόσο αλλά μπόρεσε και θεραπεύθηκε χάρη στους Άγιους Ανάργυρους, όπως καταθέτει ο ιστορικός Προκόπιος, οι οποίοι σε ένα όραμα του αυτοκράτορα του υπέδειξαν την θεραπευτική αγωγή.
Συγχρόνως με την πανδημία θα πρέπει να τονίσουμε ότι διεξαγόταν δύο πόλεμοι. Αυτός με τους Βανδάλους στην Καρχηδόνα και ο έτερος με το Βασίλειο των Οστρογότθων στην Ιταλία. Άνοιξε και η όρεξη των Γότθων που στόχευαν σε νέες συγκρούσεις με την Κωνσταντινούπολη. Το Βυζάντιο διένυε μια νέα κρίση και η λύση συνένωσης των δυο αυτοκρατοριών, Δυτικού και Ανατολικού, έστω και για μικρό διάστημα επιτυγχάνεται. Η ήττα όμως από τους Λομβαρδούς το 568 και η ίδρυση του νέου Βασιλείου της Λομβαρδίας στη Βόρεια Ιταλία επαναφέρει την κατάσταση στην προτέρα της μορφή. Μέσα σε όλη αυτή την χλαπαταγή ας μην ξεχνάμε και την οικοδόμηση της Αγίας Σοφίας.
Για όλα αυτά ο αυτοκράτορας χρειαζόταν χρήματα, πολλά χρήματα. Μη δείχνοντας λοιπόν την παραμικρή ευσπλαχνία ή κατανόηση στην ταλαιπωρία και δυστυχία του 
ίδιου του λαού δεν εφάρμοσε κανένα ελαφρυντικό μέτρο στήριξης και απαιτούσε τον φόρο ακόμη και από τους νεκρούς της πανδημίας. Έτσι ψήφισε τάχιστα και χωρίς πολλές διαδικασίες νόμο για να διευκολυνθούν οι κληρονόμοι των νεκρών να ανακτήσουν τα περιουσιακά δικαιώματα τους ούτως ώστε να μπορέσει το κράτος να εισπράξει κι από εκεί φόρους.
Συμπερασματικά η πανώλη του Ιουστινιανού, όπως αποκαλείται πλέον, έγινε αιτία μείωσης κατά 40% του γενικού πληθυσμού της Ανατολικής Μεσογείου. Στην Κωνσταντινούπολη πιστεύεται ότι τουλάχιστον 5.000 άτομα πέθαιναν ημερησίως. Η μολυσματική θανατηφόρος αυτή ασθένεια έκανε άλλες τρεις εμφανίσεις στην περιοχή με ασθενέστερη ένταση κατά τη διάρκεια του 6ου, 7ου και 8ου αιώνα. Η πανώλη του Ιουστινιανού εξαπλώθηκε σε όλη την Ευρώπη, έφτασε βόρεια μέχρι τη Δανία και δυτικά μέχρι την Ιρλανδία, ενώ απ’ την άλλη πλευρά του χάρτη, έφτασε μέχρι τις Ινδίες και την Κίνα.